基因诺亚方舟:测序物种增至6.6万个

一个由50个机构联手的国际财团组建的基因诺亚方舟项目近期宣布,将搜集物种的数量从原先目标的1万增至6.6万个。获得基因序列将保存在开放的网络平台上供人类共享。

科技博客Gizmodo报导,G10K财团组织的基因诺亚方舟项目——脊椎基因工程(VGP),预计投资6亿美元搜集地球上6.6万个脊椎动物品种的基因序列,包括所有哺乳动物、鸟类、爬行动物、两栖动物和鱼类。来自12个国家50个机构的150多位专业人员参与这一项目。

该项目原计划搜集至少1万个脊椎动物品种的基因序列,但随着基因序列技术的极大发展和成本的降低,G10K决定将搜集的品种增至6.6万,而且每个品种还分别搜集雌雄两个个体的样本。

G10K财团上周在纽约洛克菲勒大学(Rockefeller University)举行的2018基因组10K大会上宣布了项目的扩容。

会上还展示了代表着五大类脊椎动物的14个新搜集的高质量基因序列,包括大马蹄蝙蝠、加拿大山猫、鸭嘴兽、安娜蜂鸟、鸮鹦鹉(新西兰一种不会飞的鹦鹉,大约仅存150只)、沙漠龟、双纹蚓螈(一种奇怪的无肢两栖动物,长得像蛇)和攀鲈等。

G10K联合创办人之一、圣地亚哥动物园保护研究所的Oliver Ryer说,这个项目将帮助科学家了解物种灭绝、恶性突变、近亲繁殖、遗传瓶颈等问题的原因。

十年前G10K启动之时,其成员完全不知道获得高质量的基因序列做科研之用需要多长时间和多少开支。然而现在他们能够:

● 着重使用长读、非短读测序来获得高质量基因组。意即让每个基因数据块长一些,这样只需数千个数据片段拼成一个基因组;若是短读测序,则需要数百万个数据片段。

● 不再把雌雄序列混合称一个基因组,而是给雌雄体分别测序。

马克斯普朗克分子细胞生物学和遗传学研究所(Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)的领衔研究员、VGP项目成员之一Gene Myers说,十年后的今天,平均每个脊椎物种测序只需不到一千美元,按照这个趋势继续发展,基因组领域的格局将发生极大变化。

要知道十年前,给一个动物测序就要数百万美元和几年的时间。

G10K召集人、国家人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)的Adam Phillippy说,新技术让一项测序可在一周内完成;新物种首次测序耗资约三万美元。

这个项目搜集的所有基因序列将存在“基因组方舟数据库”中,一个在线开放平台上供科研界共享。

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